當前位置:首頁 > 科研服務 > 蛋白/核酸相互作用 > RNA-蛋白互作 > RNA pull down
實驗簡介買此服務買試劑盒

RNA pull down * 實驗簡介


RNA pull down是體外條件下尋找目標RNA的結合蛋白的方法。先將體外轉錄的RNA結合到Beads上,再將RNA-Beads和細胞裂解液孵育,這樣與目標RNA結合的蛋白便會一起吸附在Beads上。洗滌掉不結合的蛋白后,用洗脫液將RNA-protein復合物從Beads洗脫下來,之后可以采用Western Blot技術檢測特定的結合蛋白,還可以采用質譜方法鑒定與目標RNA結合的未知蛋白。



輝駿生物10年科研服務經驗,專業提供分子互作實驗服務,包括蛋白與蛋白、蛋白與DNA、蛋白與RNA、RNA與RNA的相互作用技術,經驗豐富,實驗結果穩定、可靠。

我公司自有分子、細胞和質譜實驗平臺,能執行最優的實驗路線,對微量互作蛋白的質譜鑒定有充足把控力,對后續功能分析有獨到見解。

我們不僅會提供專業的售前方案建議、而且售后技術支持將一直保持到文章發表,確保您安心進行下游實驗及投稿

目前,客戶已在Nature子刊、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功發表大量高分文章(點擊查看客戶文獻)



RNA pull down * 實驗流程


RNA pull down,rna pull-down實驗原理和步驟



RNA pull down * 應用背景


RNA結合蛋白(RNA binding protein,RBP)是一類功能強大而廣泛的調節因子,約占細胞編碼的所有蛋白的5%~10%。目前除了少數RNA以核酶形式單獨發揮功能,大部分RNA通過與蛋白結合形成RNA-蛋白復合物來發揮作用。  


一方面,RBP參與RNA合成、可變剪接、修飾、轉運、翻譯及胞內定位等多個轉錄后調控過程,調控mRNA穩定性、lncRNA活性、miRNA沉默復合體形成等生物學過程;另一方面,RNA也會調節這些蛋白質的活性、定位或與其他蛋白質相互作用,從而影響RBP介導的各種細胞事件。RNA與蛋白質的相互作用對于維持細胞穩態是非常重要的,干擾這種相互作用將會導致細胞功能失調和相關疾病的發生。  


目前研究RNA-蛋白質相互作用的方法分為兩大類:一是以感興趣的RNA為中心,尋找與該RNA結合的蛋白質;二是以感興趣的蛋白質為中心,尋找與該蛋白質結合的RNA。RNA pull down屬于前者,通過體外轉錄的方式將感興趣的RNA帶上標簽,通過該標簽使RNA結合到樹脂支持物上,再加入樣本蛋白質與RNA結合,洗滌、洗脫得到與目標RNA結合的蛋白質。

技術支持聯系
18927549347、13430303037



RNA pull down * 輝駿服務內容


服務項目服務內容結果交付實驗周期客戶提價格

RNA pull down WB

(驗證型)

制備RNA正義鏈和反義鏈探針探針電泳圖4-5周

實驗樣本

目標基因質粒模板

待測蛋白抗體

實驗信息表


Western blot檢測樣本中的待測蛋白Western blot檢測圖

RNA pull down捕獲目標RNA及其結合蛋白

RNA pull down實驗報告

Western blot檢測

RNA pull down MS

(篩選型)

制備RNA正義鏈和反義鏈探針探針電泳圖6-7周

實驗樣本

目標基因質粒模板

實驗信息表




RNA pull down捕獲目標RNA及其結合蛋白

SDS-PAGE銀染檢測圖

RNA pull down實驗報告

LC-MS/MS檢測及數據分析

質譜檢索結果及報告

互作蛋白篩選表格

生信分析結果和報告



RNA pull down * 樣本要求



樣本類型
RNA pull down WB建議送樣量RNA pull down MS建議送樣量
動物細胞
3*10e7個細胞/組(約3個10cm皿)5*10e7個細胞/組(約5個10cm皿)
動物組織1g/組2g/組
植物葉片2g/組4g/組
植物根或果實4g/組8g/組
菌體50ul菌體沉淀/組100ul菌體沉淀/組

▲注意:以上均為每組樣本的送樣量,如果實驗和對照組用的樣本一致,此樣本量*2。詳細送樣指南可聯系輝駿生物索取。

保存及運輸:-80℃保存,干冰取樣/運輸,至少在送樣前2天通知我司。



RNA pull down * 結果示例


RNA pull down檢測圖.jpg

左:RNA pull down WB檢測圖(陽性);    右:RNA pull down MS產物銀染圖


RNA pull down MS質譜結果.png

RNA pull down MS質譜檢索表格(部分展示)


RNA pull down生信分析結果.jpg

正義鏈組獨有蛋白(潛在結合蛋白)的生物信息學分析結果(部分展示)


技術支持聯系
18927549347、13430303037



RNA pull-down 服務案例—客戶文章解析


The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. 

Journal of Hematology & Oncology. 2020. (中科院1區,IF=23.168)


lncRNA LAMP5-AS1通過調控DOT1L甲基轉移酶活性促進MLL白血病發展


研究概述

大量的臨床樣本檢測發現,一個長鏈非編碼RNA(LncRNA)“LAMP5-AS1”在混合系白血病(MLL)中高表達,因此研究者們繼續探索了它在MLL中的的作用機制。通過RNA pull down和RIP-qPCR技術,他們發現了LAMP5-AS1的潛在結合蛋白—DOT1L(一種H3K79甲基轉移酶),并通過ChIP-seq和ChIP-qPCR實驗證明LAMP5-AS1能夠影響MLL融合蛋白核心靶基因的H3K79me2/3水平。本研究確定了lncRNA LAMP5-AS1在MLL白血病細胞的自我更新和分化阻滯中起重要的作用,對維持DOT1L酶的高活性有重要意義,可能成為治療MLL白血病的一個有價值的靶點。


研究路線

細胞和小鼠實驗確定高表達的LAMP5-AS1促進MLL白血病進展
RNA pull-down結合質譜鑒定技術首次發現了LAMP5-AS1的潛在結合蛋白—DOT1L(一種H3K79甲基轉移酶)
RIP qPCR實驗確定了LAMP5-AS1與DOT1L結合
截短型 RNA pull down實驗進一步明確了與LAMP5-AS1結合的DOT1L結構域
體外酶活實驗表明LAMP5-AS1與DOT1L的結合促進了DOT1L的甲基轉移酶活性
ChIP實驗表明LAMP5-AS1影響MLL融合蛋白核心靶基因的H3K79me2/3水平
臨床分析LAMP5-AS可作為MLL白血病不良預后的預測因子




RNA pull-down * 客戶文章


1. Bao. X.C. et al: The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters. Cell Research, 2015. 中科院1區,IF=46.297.

【研究內容】:作者通過RNA pull-down、、等技術,證實了lincRNA-p21與HNRNPK結合,并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成復合物。該復合物甲基化了多能性基因的啟動子序列及相應組蛋白,并改變了它們的表達量,從而進一步影響體細胞重編程過程。

使用相關技術:RNA pull-down



2. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods, 2018. 中科院1區,IF=47.99.
【研究內容】:輝駿生物為作者單位之一,和客戶共同開發了一種全新的RNA pull down,并用質譜鑒定新生RNA結合蛋白的方法。該方法主要是用EU標記新生RNA,再用點擊反應-生物素-鏈霉親和素系統做RNA-pull down,然后質譜鑒定分離的新生RNA互作蛋白。用該rna pulldown方法,首次鑒定到重要周期蛋白CCK1為RNA結合蛋白。、CLIP-Seq等實驗進一步證實了CCK1為RBP蛋白,并發揮著重要的細胞。
使用相關技術:RNA pull down WB、RNA pull-down 技術服務


3. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene, 2020. 中科院1區,IF=8.756.
【研究內容】:lncRNA LINC01503在鼻咽癌中高表達,并且促進了腫瘤的不良預后。作者在此探討了LINC01503的作用機理,先用RNA pull down和質譜鑒定,發現SFPQ蛋白可能和LINC01503結合。RIP-qPCR實驗確證了鼻炎癌中LINC01503募集了SFPQ基因。基于SFPQ-FOSL1軸在癌癥研究中的重要地位,作者后續的工作思路之一也是關注該信號軸,并設計了CHIP-qPCR等實驗做出證明。配合質譜鑒定,為此文研究提供了關鍵性的研究源頭。
使用相關技術RNA pulldown實驗、rna-pull down 打質譜




RNA pull-down * 輝駿服務優勢

1

十年服務經驗,客戶成果發表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上。

2

對圍繞RNA結合蛋白開展的整體課題提供全方位指導,包括上下游實驗設計和結合蛋白的多方法驗證等

3

自有蛋白質組學平臺,對RNA pull down產物這類微量蛋白的質譜鑒定有十足的把控能力,對后續的生物信息分析有獨到的見解

4

售后技術支持將一直保持到客戶發表文章,確保客戶安心進行下游實驗及投稿





輝駿實力

輝駿DNA-pull down實驗技術外包服務


輝駿生物RNA-pull down實驗技術服務分以下兩種:


1. RNA pull down WB,用于檢測目標RNA與某樣本中的待測蛋白是否存在相互作用;

2. RNA pull down MS,用于篩選目標RNA與某樣本中的哪些蛋白具有相互作用。


RNA Pull down檢測服務
服務項目服務內容結果交付實驗周期客戶提價格
RNA pull down WB制備RNA正義鏈和反義鏈探針探針電泳圖5-6周

1、實驗樣本

2、含有目標基因序列的質粒模板及測序文件

3、待測蛋白抗體

4、實驗信息表(樣本信息、抗體信息、目標RNA和待測蛋白序列)



Western blot檢測待測樣本中的待測蛋白Western blot檢測圖

RNA pull down捕獲目標RNA及其結合蛋白

(2組:正義鏈孵育組、反義鏈孵育組)
RNA pull down實驗報告
Western blot檢測RNA Pull down產物中的待測蛋白Western blot檢測圖
RNA pull down MS制備RNA正義鏈和反義鏈探針探針電泳圖8-9周

1、實驗樣本

2、含有目標基因序列的質粒模板及測序文件

3、實驗信息表(樣本信息、目標RNA序列)





RNA pull down捕獲目標RNA及其結合蛋白

(2組:正義鏈孵育組、反義鏈孵育組)
pull down實驗報告
SDS-PAGE評估RNA pull down產物中的蛋白含量和數量SDS-PAGE銀染檢測圖
LC-MS/MS定性檢測pull down產物的蛋白、篩選實驗組獨有蛋白(潛在互作蛋白)質譜檢索表格、互作蛋白篩選表格、檢測報告
針對互作蛋白做生物信息學分析(GO、KEGG pathway、String)生物信息學分析結果和報告1周


添加技術員微信了解服務詳情
18927549347、13430303037





RNA pull-down服務優勢*輝駿生物


1

十年服務經驗,客戶成果發表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上。

2

對圍繞RNA結合蛋白開展的整體課題提供全方位指導,包括上下游實驗設計和結合蛋白的多方法驗證等

3

自有蛋白質組學平臺,對RNA pull down產物這類微量蛋白的質譜鑒定有十足的把控能力,對后續的生物信息分析有獨到的見解

4

售后技術支持將一直保持到客戶發表文章,確保客戶安心進行下游實驗及投稿




RNA pulldown實驗外包服務樣本要求


1. 送樣量要求

樣本類型
RNA pull down WB建議送樣量RNA pull down MS建議送樣量
動物細胞
3*10e7個細胞/組(約3個10cm皿)5*10e7個細胞/組(約5個10cm皿)
動物組織1g/組2g/組
植物葉片2g/組4g/組
植物根或果實4g/組8g/組
菌體50ul菌體沉淀/組100ul菌體沉淀/組


▲注意:這里列出的均為每組樣本的送樣量,如果實驗和對照組用的樣本一致,此樣本量*2。詳細送樣指南可聯系輝駿生物客服或銷售索取。

 

2. 樣本保存和運輸要求:

(1)樣本用PBS清洗干凈后,離心去掉液體,先放入液氮中速凍,再轉移至-80℃冰箱中保存;

(2)樣本一定要做好標記,應用油性防凍記號筆或標簽紙在管上注明樣本名稱或編號;

(3)樣本較多或需要分批做,要將樣本分裝;

(4)干冰取樣/運輸;需要至少在送樣前一天通知我方。





RNA pull down實驗結果示例


RNA pull down實驗技術服務結果

RNA pulldown WB:Western blot檢測圖(陽性)


RNA pull down實驗結果條帶怎么看

RNA pull-down MS:SDS-PAGE銀染檢測圖


RNA pull-down實驗原理和步驟及結果分析

RNA pull down-MS:質譜檢索表格(部分展示)





RNA pull-down實驗技術服務客戶文章


1. Bao. X.C. et al: The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters.Cell Research.2015, IF=13.9.

【研究內容】:作者通過RNA pull-down、RIP-qPCR、CoIP等技術,證實了lincRNA-p21與HNRNPK結合,并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成復合物。該復合物甲基化了多能性基因的啟動子序列及相應組蛋白,并改變了它們的表達量,從而進一步影響體細胞重編程過程。

使用相關技術:rna pull-down、RNA-蛋白相互作用


2. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods,15(3): 213–220. 2018,IF=28.467.
【研究內容】:輝駿生物為作者單位之一,和客戶共同開發了一種全新的RNA pull down,并用質譜鑒定新生RNA結合蛋白的方法。該方法主要是用EU標記新生RNA,再用點擊反應-生物素-鏈霉親和素系統做RNA-pull down,然后質譜鑒定分離的新生RNA互作蛋白。用該rna pulldown方法,首次鑒定到重要周期蛋白CCK1為RNA結合蛋白。RIP-qPCR、CLIP-Seq等實驗進一步證實了CCK1為RBP蛋白,并發揮著重要的細胞。
使用相關技術:RNA pull down WB、RNA pull-down 技術服務


3. Wang W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology.2020,IF=11.059.
【研究內容】:研究顯示高表達的LncRNA LAMP5-AS1能降低MLL白血病患者5年生存率。利用RNA pull down配合蛋白質質譜鑒定技術,作者首次發現LAMP5-AS1和DOT1L蛋白可能形成復合物。DOT1L是表觀遺傳中非常重要的甲基化酶。作者通過RIP-qPCR進一步確定了MLL細胞存在該復合物,并通過截短型RNA pull down實驗進一步確定了DOT1L的結合序列。后續的ChIP-qPCR等實驗證實了該復合物能有效影響DOT1L對組蛋白H3K79的甲基化水平,從而影響細胞的增殖分化。
使用相關技術:rna pulldown實驗、rna pull down ms、rna pulldown探針


4. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene. 2020,IF=7.971.
【研究內容】:lncRNA LINC01503在鼻咽癌中高表達,并且促進了腫瘤的不良預后。作者在此探討了LINC01503的作用機理,先用RNA pull down和質譜鑒定,發現SFPQ蛋白可能和LINC01503結合。RIP-qPCR實驗確證了鼻炎癌中LINC01503募集了SFPQ基因。基于SFPQ-FOSL1軸在癌癥研究中的重要地位,作者后續的工作思路之一也是關注該信號軸,并設計了CHIP-qPCR等實驗做出證明。RNA pull down配合質譜鑒定,為此文研究提供了關鍵性的研究源頭。
使用相關技術RNA pulldown實驗、rna-pull down 打質譜


4899+客戶已添加微信獲取實驗優惠!


 名稱 貨號 規格
 貨
價格
 F2 RNA pull down試劑盒 FI8701(動物) 12次/24次/40次 現貨



 FI8711(植物) 12次/24次/40次 現貨
 FI8721(微生物) 12次/24次/40次 現貨
 生物素RNA pull down試劑盒
 FI8702(動物) 12次/24次/40次 現貨
 FI8712(植物)
 12次/24次/40次 現貨
 FI8722(微生物) 12次/24次/40次 現貨


添加微信領取試劑盒說明書
18927549347、13430303037




F2-RNA pull down試劑盒產品簡介


輝駿生物自主研發的 F2-RNA pull-down 試劑盒(專利號:ZL202111160837.9),利用一段只有16nt的RNA標簽“F2”與目標RNA連接,通過固定在磁珠上的特異性配體與F2標簽的強親和力,高效調取目標RNA,同時捕獲與之結合的蛋白;之后可以采用Western Blot技術檢測特定蛋白,也可以采用質譜(LC-MS/MS)技術鑒定未知蛋白。


輝駿生物FII-RNA pull down試劑盒和方法及其應用專利證書,F2-RNA pull down試劑盒-強親和力/操作簡便/周期短/價格低

輝駿生物FII-RNA pull down試劑盒和方法及其應用專利證書




F2-RNA pulldown試劑盒產品應用


RNA結合蛋白(RBPs)是一類功能強大而廣泛的調節因子,約占細胞編碼的所有蛋白的5%-10%。除了少數RNA以核酶形式單獨發揮功能,大部分RNA通過與蛋白結合形成RNA-蛋白復合物來發揮作用。一方面,RBP參與RNA調控,另一方面,RNA也會調控RBPs。以下列舉了可應用F2-RNA pull down試劑盒幾個研究方向:

1. RNA活性、轉運、定位調控;

2. RNA穩定性、翻譯和降解;

3. RNA合成、可變剪切;

4. RNA修飾;

5. RBPs的活性、定位或與其他蛋白質相互作用。




F2-RNA pulldown試劑盒組分


試劑名稱
體積(12 Tests)體積(24 Tests)保存條件
磁珠500 μL1 mL4 ℃
裂解緩沖液7 mL14 mL4 ℃
NT2緩沖液32 mL64 mL4 ℃
RNA結構緩沖液650 μL1.3 mL4 ℃
漂洗液32 mL64 mL4 ℃
洗脫緩沖液650 μL1.3 mL-20 ℃
蛋白酶抑制劑230 μL460 μL-20 ℃
RNase抑制劑65 μL130μL-20 ℃
F2配體250 μL500 μL-20 ℃




F2-RNA pull down試劑盒產品優勢

1、F2標簽是一段RNA序列,可以連接和標記各種類型的RNA;

2、F2標簽很短,只有16nt,幾乎不影響目標RNA的結構或功能;

3、可以用于體內或體外標記目標RNA;

4、F2標簽與其特異性配體具有很強親和力,能夠高效調取F2-RNA及其結合蛋白。

F2-RNA pull-down試劑盒-強親和力-蛋白結合性好.png




生物素RNA Pull down試劑盒簡介


RNA pull-down是檢測RNA及其結合蛋白(RNA binding protein,RBP)之間相互作用的主要實驗手段之一。生物素-RNA pull down試劑盒利用體外轉錄的生物素標記RNA來模擬天然RNA分子,作為探針,與樣本裂解液孵育,探針與裂解液中的蛋白形成RNA-蛋白質復合物;通過鏈霉親和素磁珠與生物素之間的強親和力,特異性捕獲生物素標記的RNA,從而實現RNA結合蛋白(RBPs)的捕獲富集;之后可以采用Western Blot技術檢測特定蛋白,也可以采用質譜(LC-MS/MS)技術鑒定未知蛋白。




生物素RNA pulldown試劑盒組分


試劑名稱
體積(12 Tests)體積(24 Tests)保存條件
鏈霉親和素磁珠500 μL1 mL4 ℃
裂解緩沖液7 mL14 mL4 ℃
NT2緩沖液16 mL32 mL4 ℃
RNA結構緩沖液650 μL1.3 mL4 ℃
漂洗液32 mL64 mL4 ℃
洗脫緩沖液650 μL1.3 mL-20 ℃
蛋白酶抑制劑230 μL460 μL-20 ℃
RNase抑制劑65 μL130μL-20 ℃


標簽:

上一篇:RIP

下一篇:暫無

你可能感興趣的實驗

電子郵箱

service@prodelecgroup.com

聯系電話

020-32053431 / 400-699-1663

聯系地址

廣州市黃埔區科學城廣州國際企業孵化器D506

微信咨詢

微信掃碼一對一咨詢

服務熱線
4006991663
返回頂部