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lncRNA和circRNA通常被認為是非編碼RNA,但是越來越多的研究表明,有些lncRNA和circRNA也能編碼多肽或蛋白,且部分多肽還具有重要的生理功能。為了系統的研究具有多肽或蛋白編碼功能的lncRNA或circRNA,我司制定了能快速準確篩選它們及探究其產物功能的個性化解決方案。


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lncRNA或circRNA編碼多肽-技術原理


編碼蛋白的RNA有開放閱讀框(ORF),翻譯時會與核糖體結合,產生對應的多肽或蛋白產物,通過分離核糖體-RNA復合物,對RNA進行測序,lncRNA/circRNA分析,ORF預測,可以預測其編碼的多肽或蛋白信息;之后分離樣本中的蛋ncRNA或circRNA編碼多肽白質進行質譜測定,獲得實際的多肽或蛋白信息;將以上兩種信息進行匹配,即可篩選到具有多肽或蛋白編碼功能的lncRNA/circRNA信息;之后可對這些RNA進行表達驗證、編碼驗證和功能研究。




lncRNA或circRNA編碼多肽技術服務流程


確定差異表達的lncRNA/circRNA

? RNA-seq篩選      

 ? qPCR,northern blot或原位雜交驗證


篩選有編碼潛能的lncRNA/circRNA

? 分析潛在ORF及ORF相關信息

? 其他相關生物信息分析


質譜確認

? 以目標RNA建庫,樣本做LC-MS和PRM,找到lncRNA/circRNA編碼多肽/蛋白的質譜證據


編碼肽表達檢測

? 體外檢測:構建帶標簽的ORF/ORFmut載體,轉染細胞后用標簽抗體檢測

? 體內檢測:野生型細胞/組織樣本,以小肽抗體檢測


編碼肽功能檢測(排除 RNA作用)

? 小肽表達水平檢測,分析其與表型的關系

? 體外檢測:ORF/ORFmut載體轉入原本低/不表達lncRNA的細胞,檢測功能/表型變化;也可做沉默實驗

? 體內檢測:小鼠體內過表達ORF/ORFmut,檢測功能表型變化;也可做敲除實驗





lncRNA或circRNA編碼多肽輝實驗*輝駿生物技術優勢


★差異RNA或有編碼潛能的RNA數據庫的建立可以幫助我們更快的確定分析目標;

質譜分析方法可以批量獲得很多具有編碼潛能的lncRNA和circRNA信息,為后續研究鑒定堅實基礎,節省科研時間和精力。

 



lncRNA或circRNA編碼多肽研究-文章


1. Novel Role of FBXW7 Circular RNA in Repressing Glioma Tumorigenesis. JNCI J Natl Cancer Inst. 2018.【IF>10,合作伙伴文章】

2. A micropeptide encoded by a putative long noncoding RNA regulates muscle performance. Cell. 2015.【IF>30】

3. A peptide encoded by a transcript annotated as long noncoding RNA enhances SERCA activity in muscle. Science. 2016.【IF>30】

4. Circ-ZNF609 Is a Circular RNA that Can Be Translated and Functions in Myogenesis. Mol Cell. 2017.【IF>15】

5. Translation of CircRNAs. Mol Cell. 2017.【IF>14】

6. Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine. Cell Res. 2017.【IF>15】



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