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DNA pull down * 實驗原理


DNA pull down是體外條件下研究目標DNA片段與蛋白質相互作用的技術。首先,體外制備帶有生物素標記的DNA探針;之后,生物素DNA探針結合到鏈霉親和素磁珠上;再將DNA-Beads與細胞裂解液孵育,這樣DNA結合蛋白便一起吸附在Beads上;洗滌掉未結合的蛋白后,再用洗脫液將DNA結合蛋白從Beads洗脫下來,得到DNA pull down產物。DNA-protein復合物既可以用Western Blot檢測已知蛋白,也可以用質譜鑒定未知蛋白。


輝駿生物10年科研服務經驗,專業提供分子互作實驗服務,包括蛋白與蛋白、蛋白與DNA、蛋白與RNA、RNA與RNA的相互作用技術,經驗豐富,實驗結果穩定、可靠。

我公司自有分子、細胞和質譜實驗平臺,能執行最優的實驗路線,對微量互作蛋白的質譜鑒定有充足把控力,對后續功能分析有獨到見解。

我們不僅會提供專業的售前方案建議、而且售后技術支持將一直保持到文章發表,確保您安心進行下游實驗及投稿

目前,客戶已在Nature子刊、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功發表大量高分文章(點擊查看客戶文獻)。




DNA pull down * 實驗流程


DNA pull down實驗技術服務步驟 dna pulldown WB實驗平臺公司




DNA pull-down * 應用背景


DNA pull-down以感興趣的DNA序列為中心,尋找與該序列結合的蛋白質,最常見的應用是尋找某特定基因啟動子的轉錄因子。


啟動子通常位于結構基因5'端上游,含有RNA聚合酶特異性結合和轉錄起始所需的保守序列。轉錄因子也稱反式作用因子,是一種DNA結合蛋白,它能與真核基因的順式作用元件(如啟動子、增強子等)特異性結合來激活或抑制基因表達。轉錄因子有4個主要結構域:DNA結合域決定轉錄因子的特異性,轉錄調控域(包括激活域或抑制域)決定轉錄因子的功能,寡聚化位點使不同轉錄因子間發生相互作用,核定位信號控制轉錄因子進入細胞核。


一個基因的啟動子通常會結合多種轉錄因子,尋找啟動子的特異轉錄因子,有助于我們理解這些啟動子下游的功能基因是如何被調控的。



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DNA pull down * 服務信息


服務項目服務內容結果交付實驗周期客戶提價格

DNA pull-down WB

(驗證型)

制備DNA探針探針電泳圖4-5周

實驗樣本

目標序列質粒模板

待測蛋白抗體

實驗信息表


Western blot檢測待測樣本中的待測蛋白Western blot檢測圖

DNA pull down捕獲目標DNA片段及其結合蛋白

待測蛋白Western blot檢測圖

DNA pull down實驗報告

DNA pull-down MS

(篩選型)

制備DNA探針探針電泳圖6-7周

實驗樣本

目標序列質粒模板

實驗信息表




DNA pull down捕獲目標DNA片段及其結合蛋白

SDS-PAGE銀染檢測圖

DNA pull down實驗報告

LC-MS/MS定性檢測pull down產物的蛋白、篩選實驗組獨有蛋白(潛在互作蛋白)

質譜檢測結果及報告

互作蛋白篩選表格

生物信息學分析結果和報告




DNA pulldown * 樣本要求


樣本類型

DNA pull down WB建議送樣量

DNA pull down MS建議送樣量

動物細胞3*10e7個細胞/組(約3個10cm皿)5*10e7個細胞/組(約5個10cm皿)
動物組織1g/組2g/組
植物葉片2g/組4g/組
植物根或果實4g/組
8g/組
菌體50ul菌體沉淀/組100ul菌體沉淀/組

▲注意:這里列出的均為每組樣本的送樣量,如果實驗和對照組用的樣本一致,此樣本量*2。詳細送樣指南可聯系輝駿生物客服或銷售索取。

 保存及運輸:-80℃保存,干冰取樣/運輸,至少在送樣前2天通知我司。



DNA pull-down * 結果示例


DNA pull down實驗技術服務結果分析

DNA pull down-MSSDS-PAGE銀染檢測圖



DNA pull down技術服務公司價格

DNA pull-down MS:互作蛋白鑒定表示例



DNA pull-down MS技術服務

DNA pulldown MS互作蛋白生信分析結果示例



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DNA pull down服務案例—客戶文章解析


Gu Z.Y. et al: Overexpression of CLC-3 is regulated by XRCC5 and is a poor prognostic biomarker for gastric cancer. 

Journal of Hematology & Oncology. 2018. (中科院1區,IF=23.168).



lncRNA LAMP5-AS1通過調控DOT1L甲基轉移酶活性促進MLL白血病發展



研究背景

鼻咽癌的已有研究指出,氯離子通道-3(CLC-3)是一種有應用前景的癌癥生物標志物;但是,CLC-3能否作為胃癌的預后生物標志物以及它在胃癌中的作用機制卻鮮有報道。CLC-3過表達是胃癌不良預后的生物標志物,并且CLC-3可能通過PI3K/AKT信號通路調節細胞增殖和遷移。胃癌中CLC-3過表達的調控機制是:XRCC5結合CLC-3啟動子區并增加其啟動子活性,并且與PARP1相互作用在轉錄水平正調控CLC-3的表達。



研究路線

1

免疫組化實驗表明CLC-3在胃痦組織中高表達,且與患者不良預后有關

2

RNA-seq分析和細胞實驗發現敲除CLC-3抑制細胞增殖和遷移,且影響了PI3K/Akt信號通路的很多基因

3

雙熒光素酶實驗確定了CLC-3啟動子的活性區域

4

DNA pull down MS實驗找到了CLC-3啟動子活性區域的潛在結合蛋白XRCC5

5

體內DNA探針檢測ChIP-PCR實驗都確定了XRCC5蛋白可以結臺CLC-3啟動子

6

免疫組化實驗表明XRCC5和CLC-3的表達呈正相關,且兩者高表達指示患者預后不良

7

基因表達/敲除和細胞功能實驗結果顯示CLC-3的表達和功能受XRCC5的調節

8

CoIP結合質譜實驗篩選到了XRCC5的互作蛋白PARP1,體內DNA探針檢測發現PARP1也可以與CLC-3啟動子結合,XRCC5和PARP1協同調控CLC-3的表達和功能

9

小鼠移植瘤實驗表明CLC-3在體內可也以被XRCC5調控,影響腫瘤生長




DNA-pull down實驗客戶文章


1637896170298984.png YBX1-Mediated DNA Methylation-Dependent SHANK3 Expression in PBMCs and Developing   Cortical Interneurons in Schizophrenia. Adv Sci. 2023. IF=15.1.


【研究內容】:DNA甲基化在調節基因表達中起著重要作用,而失調的DNA甲基化參與了各種疾病的發病機制。本研究 利用DNA甲基化芯片技術(MeDIP-chip)檢測了首發精神分裂癥患者外周血單個核細胞(PBMCs)全基 因組DNA甲基化失調的情況,發現SHANK3啟動子高度甲基化。DNA pull down MS和ChIP-qPCR找到并確定了與SHANK3啟動子高甲基化區結合并正調控其表達的轉錄因 子YBX1,表明PBMCs中SHANK3的高甲基化可以作為SCZ的潛在外周生物標志物。

使用相關技術:DNA pull down ms檢測、DNA-pull down探針制備實驗、DNA pull-down技術服務



1637896170298984.png

 Chemotherapy-elicited extracellular vesicle CXCL1 from dying cells promotes triple-negative breast cancer metastasis by activating TAM/PD-L1 signaling. J Exp Clin Cancer   Res. 2024. IF=11.3.


【研究內容】:三陰性乳腺癌(TNBC)是最具侵襲性的乳腺癌亞型。TNBC凋亡細胞胞外囊泡的趨化因子陣列分析發現:  胞外囊泡中的CXCL1是激活TAM/PD-L1信號通路的關鍵成分,CXCL1的敲低可顯著抑制胞外囊泡誘導的  TNBC生長和轉移。DNA?pull down MS和Luc等實驗也確定了CXCL1能與PD-L1啟動子結合,并轉錄激活  EED介導的PD-L1啟動子活性來增強TAM/PD-L1信號轉導。此外,TPCA-1可以作為改善TNBC預后的靶向候  選藥物,且無明顯毒性。

使用相關技術:DNA pull-down ms、DNA pulldown實驗檢測


1637896170298984.png Chen R. et al: Lnc-GD2H Promotes Proliferation by Forming a Feedback Loop With c-Myc and Enhances Differentiation Through Interacting With NACA to Upregulate Myog in C2C12 Myoblasts. Front Cell Dev Biol. 2021, IF=6.684.

【研究內容】:本研究通過雙熒光素酶,ChIP,DNA pull down和RNA pull down,RIP等實驗發現lnc-GD2H在肌肉再生中的作用:在成肌細胞增殖過程中,c-Myc蛋白與lnc-GD2H啟動子結合并調節其轉錄,促進成肌細胞增殖;在成肌細胞分化過程中,lnc-GD2H與成肌細胞分化相關蛋白NACA相互作用,抑制其在Myog啟動子的富集,減輕NACA對Myog的抑制作用,促進Myog表達和成肌細胞分化。

使用相關技術:DNA pull down檢測、DNA-pull down探針制備、DNA pull-down質譜實驗服務



1637896170298984.png

 Ma Y. et al: New insights into the proteins interacting with the promoters of silkworm fibroin genes. Scientific Reports. 2021, IF=4.379.

【研究內容】:本研究報道了家蠶中調控絲素蛋白編碼基因所必需的啟動子相互作用蛋白(PIP),包括絲素重鏈(Fibre H)、絲素輕鏈(FiBL)和一個25kD的多肽蛋白(P25)。作者通過DNA pull down結合質譜分析鑒定與FibH、FiBL和P25啟動子區域相互作用的蛋白質,研究首次提供了與絲素基因啟動子相互作用的蛋白質的深入圖譜,有助于更好地理解絲蛋白的合成調控。

使用相關技術:DNA pulldown MS、DNA pulldown技術



輝駿實力

輝駿DNA-pull down實驗技術外包服務

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4899+客戶已添加微信獲取實驗優惠!

輝駿生物提供的DNA pull down實驗技術服務分以下兩種:

1. DNA Pull down WB,用于檢測目標DNA序列與某樣本中的待測蛋白是否存在相互作用;

2. DNA Pull down MS,用于篩選目標DNA序列與某樣本中的哪些蛋白具有相互作用。

DNA pull down檢測服務
服務項目服務內容結果交付實驗周期客戶提價格
DNA pull-down WB制備DNA探針探針電泳圖5-6周

1、實驗樣本

2、含有目標DNA序列的質粒模板及測序文件

3、待測蛋白抗體

4、實驗信息表(樣本信息、抗體信息、目標DNA和待測蛋白序列)




Western blot檢測待測樣本中的待測蛋白Western blot檢測圖

DNA pull down捕獲目標DNA片段及其結合蛋白

(2組:實驗組、對照組)
RNA pull down實驗報告
Western blot檢測DNA Pull down產物中的待測蛋白Western blot檢測圖
DNA pull-down MS
制備DNA探針探針電泳圖8-9周

1、實驗樣本

2、含有目標DNA序列的質粒模板及測序文件

3、實驗信息表(樣本信息、目標DNA序列)










DNA pull down捕獲目標DNA片段及其結合蛋白

(2組:實驗組、對照組)
pull down實驗報告
SDS-PAGE評估DNA pull down產物中的蛋白含量和數量
SDS-PAGE銀染檢測圖
LC-MS/MS定性檢測pull down產物的蛋白、篩選實驗組獨有蛋白(潛在互作蛋白)質譜檢索表格、互作蛋白篩選表格、檢測報告
針對互作蛋白做生物信息學分析(GO、KEGG pathway、String)生物信息學分析結果和報告1周


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DNA pull down實驗服務優勢*輝駿生物


1

十年服務經驗,客戶成果發表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上。

2

對圍繞DNA結合蛋白開展的整體課題提供全方位指導,包括上下游實驗設計和結合蛋白的多方法驗證等

3

自有蛋白質組學平臺,對dna pull down產物這類微量蛋白的質譜鑒定有十足的把控能力,對后續的生物信息分析有獨到的見解

4

售后技術支持將一直保持到客戶發表文章,確保客戶安心進行下游實驗及投稿





DNA pull down實驗技術服務樣本要求

1. 送樣量要求

樣本類型DNA pull down WB建議送樣量DNA pull down MS建議送樣量
動物細胞3*10e7個細胞/組(約3個10cm皿)5*10e7個細胞/組(約5個10cm皿)
動物組織1g/組2g/組
植物葉片2g/組4g/組
植物根或果實4g/組8g/組
菌體50ul菌體沉淀/組100ul菌體沉淀/組

▲注意:這里列出的均為每組樣本的送樣量,如果實驗和對照組用的樣本一致,此樣本量*2。詳細送樣指南可聯系輝駿生物客服或銷售索取。

 

2. 樣本保存和運輸要求

(1)樣本用PBS清洗干凈后,離心去掉液體,先放入液氮中速凍,再轉移至-80℃冰箱中保存;

(2)樣本一定要做好標記,應用油性防凍記號筆或標簽紙在管上注明樣本名稱或編號;

(3)樣本較多或需要分批做,要將樣本分裝;

(4)干冰取樣/運輸;需要至少在送樣前一天通知我方。

 



DNA pull-down實驗服務結果示例


DNA pull down實驗技術服務結果分析

DNA Pull down ms:SDS-PAGE銀染檢測圖


DNA pull down技術服務公司價格

DNA pull down-ms:質譜檢索表格(部分展示)





DNA-pull down技術服務客戶文章



1637896170298984.png 


【研究內容】:DNA甲基化在調節基因表達中起著重要作用,而失調的DNA甲基化參與了各種疾病的發病機制。本研究 利用DNA甲基化芯片技術(MeDIP-chip)檢測了首發精神分裂癥患者外周血單個核細胞(PBMCs)全基 因組DNA甲基化失調的情況,發現SHANK3啟動子高度甲基化。DNA pull down MS和ChIP-qPCR找到并確定了與SHANK3啟動子高甲基化區結合并正調控其表達的轉錄因 子YBX1,表明PBMCs中SHANK3的高甲基化可以作為SCZ的潛在外周生物標志物。

使用相關技術:DNA pull down ms檢測、DNA-pull down探針制備實驗、DNA pull-down技術服務



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【研究內容】:三陰性乳腺癌(TNBC)是最具侵襲性的乳腺癌亞型。TNBC凋亡細胞胞外囊泡的趨化因子陣列分析發現:  胞外囊泡中的CXCL1是激活TAM/PD-L1信號通路的關鍵成分,CXCL1的敲低可顯著抑制胞外囊泡誘導的  TNBC生長和轉移。DNA?pull down MS和Luc等實驗也確定了CXCL1能與PD-L1啟動子結合,并轉錄激活  EED介導的PD-L1啟動子活性來增強TAM/PD-L1信號轉導。此外,TPCA-1可以作為改善TNBC預后的靶向候  選藥物,且無明顯毒性。

使用相關技術:DNA pull-down ms、DNA pulldown實驗檢測



1637896170298984.png Chen R. et al: Lnc-GD2H Promotes Proliferation by Forming a Feedback Loop With c-Myc and Enhances Differentiation Through Interacting With NACA to Upregulate Myog in C2C12 Myoblasts. Front Cell Dev Biol. 2021, IF=6.684.

【研究內容】:本研究通過雙熒光素酶,ChIP,DNA pull down和RNA pull down,RIP等實驗發現lnc-GD2H在肌肉再生中的作用:在成肌細胞增殖過程中,c-Myc蛋白與lnc-GD2H啟動子結合并調節其轉錄,促進成肌細胞增殖;在成肌細胞分化過程中,lnc-GD2H與成肌細胞分化相關蛋白NACA相互作用,抑制其在Myog啟動子的富集,減輕NACA對Myog的抑制作用,促進Myog表達和成肌細胞分化。

使用相關技術:DNA pull down檢測、DNA-pull down探針制備實驗、DNA pull-down質譜實驗服務



1637896170298984.png

 Ma Y. et al: New insights into the proteins interacting with the promoters of silkworm fibroin genes. Scientific Reports. 2021, IF=4.379.

【研究內容】:本研究報道了家蠶中調控絲素蛋白編碼基因所必需的啟動子相互作用蛋白(PIP),包括絲素重鏈(Fibre H)、絲素輕鏈(FiBL)和一個25kD的多肽蛋白(P25)。作者通過DNA pull down結合質譜分析鑒定與FibH、FiBL和P25啟動子區域相互作用的蛋白質,研究首次提供了與絲素基因啟動子相互作用的蛋白質的深入圖譜,有助于更好地理解絲蛋白的合成調控。

使用相關技術:DNA pull-down ms、DNA pulldown技術服務





DNA pull down實驗技術參考文獻


1. Wang R.H. et al: A requirement for breast-cancer-associated gene 1(BRCA1) in the spindle checkpoint. PANS. 2004,IF=9.58.
【研究內容】:研究表明BRCA1缺陷型細胞的有絲分裂受到影響,存在紡錘體檢查點缺陷。作者檢測和紡錘體檢查點密切相關的幾個基因,發現BRCA1缺陷型Mad2基因表達水平變化明顯,由此推測BRCA1是通過影響Mad2的表達,從而影響有絲分裂的。DNA pull down及ChIP-qPCR實驗證實了BRCA1可以和Mad2啟動子結合,進一步研究發現BRCA1確實上調Mad2的表達,從而影響有絲分裂。
使用相關技術:dna pull down檢測、DNA-pull down探針、DNA pull down質譜


2.  Charles E. Foulds.et al: Proteomic Analysis of Coregulators Bound to ERα on DNA and Nucleosomes Reveals Coregulator Dynamics.Mol Cell.2013,IF=15.584.
【研究內容】:轉錄輔助調節因子(COR)在基因的激活或抑制中起著核心作用,研究者使用生物素-DNA pull down實驗和IP結合質譜分析的方法,鑒定與E2配體ERα結合的協同調節子,提取出至少17個轉錄輔助調節因子。研究發現組蛋白H3K4三甲基標記(H3K4me3)刺激ERα介導轉錄的機制;H3K4me3模板在ATP和AcCoA存在的情況下促進特定的COR動力學。
使用相關技術DNA pulldown技術服務、DNA pulldown WB、DNA pulldown MS實驗



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 貨號 規格 貨期價格
  FI8901(動物) 12次/24次/40次 現貨



  FI8911(植物) 12次/24次/40次 現貨
   FI8921(微生物)
12次/24次/40次
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DNA Pull-down試劑盒簡介


DNA pull down是檢測DNA及其結合蛋白之間相互作用的主要實驗手段之一,通常用來分析與目標基因調控區域相結合的轉錄因子及其他調控蛋白。DNA pull-down試劑盒采用鏈霉親和素磁珠來高效調取生物素標記的目標DNA序列及其結合蛋白。首先針對目標區域制備生物素化的 DNA 探針,之后利用鏈霉親和素磁珠捕獲目標DNA探針,再與待測樣本核蛋白孵育,洗滌去除未結合的蛋白,即可得到“目標DNA探針-蛋白質”復合物,這種互作復合物既可以用Western blot檢測已知蛋白,也可以用質譜(LC-MS/MS)鑒定未知蛋白。





DNA pull-down試劑盒應用


DNA pull-down以感興趣的DNA序列為中心,尋找與該序列結合的蛋白質,最常見的應用是尋找某特定基因啟動子區域的轉錄因子。轉錄因子是一種DNA結合蛋白,它能夠與真核基因的順式作用元件(如啟動子、增強子等)特異性結合來激活或抑制基因表達。以下列舉了可應用DNA pulldown試劑盒的幾個研究方向:

1、特定基因的轉錄因子篩選研究

2、轉錄因子靶向結合特定基因的驗證研究

3、轉錄因子結合定位或與其他蛋白質相互作用

4、DNA修飾結合修飾酶、去修飾酶及讀取酶研究




DNA pull down試劑盒-輝駿生物產品優勢


1、調取效率高:鏈霉親和素磁珠和生物素具有強大的親和力,且磁珠背景噪音低,特異性強。
2、裂解效率高
優化的裂解液配方適用于動物、植物、真菌等各類型細胞或組織樣本。

3、適配下游檢測:競爭洗脫效率高,蛋白無需變性,更有利于蛋白的質譜檢測;
4、操作簡便,實驗周期短,適合初學者。

輝駿生物DNA pulldown試劑盒




DNA pulldown試劑盒組分


 試劑名稱 體積(12 Tsets)體積(24 Tests)
 保存條件
 鏈霉親和素磁珠 500 μL1 mL
 4 ℃
裂解緩沖液
7 mL14 mL4 ℃
 NT2緩沖液 16mL32 mL 4 ℃
 漂洗液 32mL64 mL 4 ℃
 洗脫緩沖液 650 μL1.3 mL -20 ℃
蛋白酶抑制劑230 μL460 μL-20 ℃




DNA Pull Down試劑盒使用流程簡述


1. 提取細胞核蛋白;

2. 根據目標DNA序列制備生物素標記的探針

3. 利用鏈霉親和素磁珠捕獲生物素化的DNA探針

4. DNA探針與待測核蛋白液孵育,調取目標DNA的結合蛋白




DNA pull down檢測試劑盒使用案例


DNA pulldown WB結果.jpg

 DNA Pull Down預測結合蛋白的western-blot檢測圖




輝駿實力

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